Боры песчанных левобережий - это неозональный тип растительности в зоне лесостепи. Своеобразие флоры таких южных островных лесов определяется сочетанием северных лесных видов растений и животных и представителей степной зоны    

             На территории заповедника отмечено более 300 видов грибов, 133 вида лишайников, 134 видов мохообразных, 1012 видов сосудистых растений(из них, 3 вида плаунов, 6 видов хвощевидных, 13 видов папоротников, 10 видов голосеменных). 4 вида растений (прострел, луговой, ковыльднепровский, рябчик русский и ирис безлистный) и 8 видов грибов (грибная капуста, рогатик пестиковый, гериций кораловидный, грифола зонтичная, каштановый гриб, гиропор синеющий, паутинник феолетовый и мутинус собачий) включены в Красную книгу РФ. Более 100 видов растений занесены в Красные книги Воронежской и Липецкой областей.            

         Усманский бор с древних времён неразрывно связан с жизнью людей. В самом центре заповедника распологаются остатки крупного населённого пункта I-II вв. нэ.Но особенно возросло воздействие человека на лес в XVII в. При Петре I для постройки военных кораблей и стругов (судов перевозки хлеба и других припасов) в Усманском бору производилась массовая рубка преимущественно сосны и дуба.   

              Чтобы сохранить запасы древесины для нужд военного флота в 1696 г. лесной массив был изьят из общего пользования и превращён в корабельный лес. Самовольные рубки деревьев строго наказывались вплоть до смертной казни.                                       

             Интенсивная эксплуатация Усманского бора продолжалась до 1935 г.,  когда северная его часть была передана Воронежскому заповеднику. К этому времени лес состоял на 77% из молодых и средневозрастных насаждений.            

                 Современный растительный покров заповедника - это сочетание сосновых, широколиственных (дуб, липа, клены полевой и остролистный, ясень), осиновых, берёзовых и черноольховых лесов. Небольшие площади заняты луговой, водной и болотной растительностью.  

                   Характерными  растительными  сообществами заповедника являются сосняки зелёномошные, черничные и сложные с примесью дуба и липы, снытевые дубравы и пойменные чернооольшаники. Редкие фитоценозы - это сосняки лишайниковые и долгомошные, сфагновые болота, остепнённые поляны.